化学構造式を描画する無料ソフトChem Sketch

化学構造をPCで描画するソフトはいろいろあるようですが、お勧めはなんでしょうか。化学といえばケムステーション。ケムステーションに訊いてみましょう。

化学構造式描画ソフトといえばChemDrawが有名ですが、値が張るので個人で購入するのは少し難しいところです。今回紹介するACD/ChemSketch Freeware 12.0は個人での利用が無償で行える化学構造式描画ソフトです。製品版にも劣らない様々な機能がついています。(Chem-station)

化学構造式を描画するChem Sketchは有料版もあるようですが、アカデミック・個人使用の場合、無料版が用意されているようです。「化学の迷路」でもChemSketchが紹介されており、そこに紹介されていたリンクを辿ってダウンロードすることにしました。

Chem Sketch無料版ダウンロードサイト

ChemSketch Freeware

このソフトウェアをダウンロードしてみました。メニューからTemplates、Template Windowを選び、さらにSteroidsを選びました。コレステロールを描画したかったのですが、なぜかここに現れる種々のステロイドの中に一番重要な分子であるはずのコレステロールが見当たりません。一番近い構造を持つ化合物はコレスタンCholestaneでした。水酸基が3位の炭素のところについていないのと、3と4の間の二重結合がない点が、コレステロールと異なっているようです。コレスタンをクリックすると、ページに貼り付けられました。しかし炭素番号がメチル基と重なっていたりしてあまり美しくありません。

どうやって末端のメチル基を表示させないようにするの?

構造をクリックして、Propertiesのウインドウを表示させ、Commonのタブを選び、Show Carbonsのカラムの中のTerminalのチェックをはずします。1回クリックするとまだいろがついていて、もう1回クリックすると色が消えて、アンチェックされた状態になるようです。

どうやって水酸基を付加するの?

左の縦のメニューにC,H,N,O,F,Naなどの元素記号が並んでいますが、Oをクリックしてページにカーソルをもってくると、H2O 分子が現れます。これを、水酸基をつけたい炭素に重ねると、水酸基が付加されました。

どうやって炭素の番号を消すの?

化合物全体をクリックしてアクティブにし、Propertiesの画面を表示させます。Atomのタブが開かれていることを確認し、CHんqVINAと書いてあるメニューの中からNを選びます。これが炭素の番号のようです。Nを選んだ状態で、Showのチェックボックスを2回つづけてくりっくして、チェックボックスが白くなるようにします。そして、Applyボタンを押します。すると、全ての炭素の番号が消えました。

どうやって二重結合に変えるの?

(間違った方法の記録)二重結合に変更したい一重結合にカーソルを当てて右クリック(ウインドウズPCの場合)します。メニューが表示されるので、Object Propertiesを選びます。すると、Propertiesというウインドウが表示され、そこに一本線がえがかれています。その下部に一本線、二重線、三重線、その他の種類の線が並んでいるので、二重線をクリックします。こうしても、変更されませんでした。やり方が違うようです。

(正しい方法)上部メニューのアイコンが並んでいる中から、鉛筆が赤い線を引いているアイコン(ひだりから5番目のアイコン)をクリックします。その状態で、1重結合から2重結合に変えたい部分にカーソルをもっていくと、線が一本足されて、二重結合になりました。

  1. ChemSketch Tutorial 3 – Editing Atom Labels, Charges, and Radicals https://youtu.be/LWMl71GOvKw?t=180

ケムスケッチで描いた最初の化合物、コレステロール。

水酸基は手前側に飛び出るような線にしないといけなかったのですが、やり方がわかりませんでした。水素も8,9,14,17の炭素に結合している水素は向きがありますが、煩雑になるので省略しました。

  1. コレステロール(ウィキペディア)